Boa tarde,
Existem diferentes formas de fazer o que referiu: a microsoft tem uma biblioteca propria para executar worksheets de excel do lado do servidor, mas só correm em servidores MOSS (Sharepoint) que estão baseados em .Net e só correm em servidores windows.
A alternativa seria usar o OpenOffice para processar o ficheiro do lado do servidor. Existem bibliotecas para fazer isto em PHP, e como o open office suporta ficheiros excell, estas bibliotecas também os suportam.
Sugeria fazer a segunda alternativa, num praze de cerca de 2 semanas,
Atentamente,
André Barata