Te pongo un resumen de lo que ya hemos hablado por chat.
Básicamente mi propuesta es unificar en un solo servidor los servicios de hosting: Web, MySQL, FTP y Correo.
Para los DNS se utilitzaría la técnica DNS hidden master, que permite tener un master oculto y usar solo servidores de slave para responder a las peticiones externas.
El panel que propongo utilzar es Plesk, es un panel de hosting de pago que cubre todos los requisitos solicitados: Autoinstalación de aplicaciones, actualizaciones del panel.
Se recomienda que las actualizaciones de linux se realizen de forma manual cada cierto tiempo para disminuir cortes en el servicio de hosting. No obstante , podría realizarse el proceso de forma automatica.