Integración de precios entre una tienda virtual y un sistema de contabilidad

Tengo una tienda virtual que está hecha con Magento y un sistema de contabilidad. La tienda virtual funciona con MySQL y el sistema de contabilidad con SQL Server. Hasta ahora, el stock de ambas bases de datos está sincronizado mediante un programa desarrollado en C, el cual sube cada minuto desde el servidor del software de contabilidad el stock de todos los productos a la base de datos de la tienda virtual. Necesito que se haga un nuevo desarrollo para que los precios de todos los productos también se sincronicen automáticamente. Es preferible si esto se hace partiendo del desarrollo que ya está hecho en C para la sincronización del stock, pero también estoy dispuesto a considerar propuestas en otros lenguajes de programación, siempre y cuando no interfieran con lo que ya está hecho.